تشكل الدراسات العليا حجر الزاوية في تنفيذ رؤية المعهد في تقديم برامج أكاديمية تتماشى مع التطور العلمي وهي جزء اساسي من رسالة المعهد في تأهيل وتدريب الكوادر العلمية والطبية من خلال برامج الدراسات العليا ومنح الشهادات الاكاديمية ، حيث تأسست شعبة الدراسات العليا في المعهد منذ تأسيس المعهد عام (1999- 2000) ، أما الشهادات التي يمنحها المعهد فهي

شهادة الدبلوم العالي ( المعادل للماجستير ) في التقنيات المساعدة على الانجاب والتي يتم فيها قبول خريجي كلية الطب البشري ممن له ممارسه او اقامة فدمى في احد الفروع النسائية والتوليد او الجراحة البولية او العقم او حاصل على شهادة عليا (دبلوم فما فوق في تلك الاختصاصات ) .

وشهادة الماجستير في علم الاجنة التطبيقي والتي يتم فيها قبول خريجي كلية الطب البشري او الطب البيطري او كلية العلوم اختصاص علوم الحياة حصراً وشهادة الدكتوراه في التناسل السريري التطبيقي والتي يتم فيها قبول طبيب بشري حاصل على الماجستير في علم الاجنة التطبيقي او الدبلوم العالي المعادل للماجستير في التقنيات المساعدة على الانجاب .

حيث تعتمد الخطة الدراسية لأقسام المعهد في السنة التحضيرية الاولى على منهاج نظري و عملي ينصب في تخصص كل قسم اضافة الى الحلقات الدراسية و الندوات و ورش العمل التي يزج فيها طلبة الدراسات العليا للقسمين كما تتضمن الخطة الدراسية التدريب الصيفي في العيادة الاستشارية ،وفي السنة البحثية الثانية يتم تحديد بحوث الطلبة بعد تقديم اساتذة المعهد خططهم البحثية و اقرارها من قبل اللجنة العلمية ليقوم الطلبة بأختيار البحث و المشرف الذي يرغبون به شهادة الدكتوراه في التناسل السريري التطبيقي والتي يتم فيها قبول طبيب ممارس نسائية و توليد او طبيب جراحة بولية حاصلين على شهادة ماجستير في علم الاجنة التطبيقي او دبلوم عالي معادل للماجستير في التقنيات المساعدة على الانجاب