هو أحد الاقسام العلمية المختصة بالدراسات العليا في المعهد العالي لتشخيص العقم والتقنيات المساعدة على الانجاب ويشكل ركنا اساسيا من اركان البناء العلمي للمعهد. تم إستحداثه في عام 2006، يمنح القسم شهادة الماجستير في علم الأجنة التطبيقي للطلبة من حاملي إختصاص الطب، الطب البيطري وكلية العلوم (علوم الحياة حصرا”)

يعنى قسم الاجنة التطبيقي بتدريس وتأهيل الكوادر المتخصصة في مجال علم الاجنة الحديث،والتطبيقي منه خاصة، إضافة إلى إجراء البحوث العلمية السريرية في مجال تطور الأجنة و التشوهات الجنينية و ربط التأثيرات البيئية بنمو الأجنة وما إلى ذلك، خدمةً للمجتمع من خلال الحد من مشكلة الامراض الوراثية والتشوهات الجنينية